Нашел очень хороший способ переустановки VipNet Client или VipNet CryptoService без повторной настройки.
Сохраняем папку C:\Program Files\InfoTeCS\*.* в безопасном месте, далее после переустановки Windows просто копируем эту папку обратно и поверх устанавливаем VipNet. После перезагрузки наслаждаемся работоспособностью.